《药师琉璃光七佛本愿功德经》是本经的经题，一般以人、法、喻立名。佛菩萨名号归于人类；佛所说法归于法一类；以净妙宝贵的东西喻经的好处，归于喻一类。药师七佛是人，本愿功德是法，琉璃光是喻。
药师即日常所诵消灾延寿药师佛，梵音秉杀社窭噜之意译。现代谈到药师，只是配药的人，而古代却不然，药师与医生的涵义是一样的。佛法中常称佛陀为大医王或大药师。
药为世间治病的物品，如药店中所陈列的药品，但以佛法而言，不只是病人有病时才吃药，凡世界众生无时不浸在惑业苦病中，身心充满诸病。经里说，人的生理上有三种病：老、病、死；心理上也有三种病：贪、嗔、痴。佛能拔除众苦，善治诸病，以物药治身病，以法药治心病。所以，我们不可把含有崇高意义的药师一名视为普通配药人和一般医院的医师。
物药即世间治身病之药。广义而言，万物皆为药。如寒时穿衣，饿时进食，倦而需卧，困而需行。此饥、寒、困、倦等，无非是病，而衣、食、住、行等，无非是药。总之，人生之有需要，无非是病；所需要者，无非是药。故众生充满诸病，宇宙万物莫非是药。以普贤菩萨与善财童子问答因缘，更可显明药与非药的意义：一日普贤命善财入山采药，凡能为药之草木，皆可采来。而善财踏遍山岩，徒手而归。询问他，则言满山皆药，无从采起。普贤又命入山，将非药者采来。善财依然空手而归。再问之，则言满山皆非药，无从采起。是药、非药，全在医生之得当与否，得当则砒霜亦可为药，不得当则人参也能令人致死。故从广义而言，虽宇宙万物皆可为药的原料，若不经医生如法配制，矿植物等又皆非药。药须经医生制方配成，方可治病。药中有丸、散、膏、丹等已制成之药，许多祖传秘方之类即是。综上可知，物药不外三种：1.动植物、矿物等为药的原料；2.按处方配制的药；3.丸、散、膏、丹等已成之药。
法药亦有三种：1.经、律、论；2.五乘、三乘、一乘；3.陀罗尼。佛依众生而施设经律，皆为医治众生身心之病。众生堕无明惑，得业报身，充满诸病。佛说诸经、诸律，广为医治；乃至菩萨声闻结集经律，造论申义，真理重重，法门无边，取之不尽，用之不竭，亦犹如宇宙间之矿植物等皆为药之原料。虽然众生有八万四千病，佛说八万四千法门，对机施药，方能治病，故有五乘、三乘、一乘之教法。五乘，即人乘、天乘、声闻乘、缘觉乘、菩萨乘。在人乘，则施五戒、十善之法，对治五逆十恶之病；在天乘，则施四禅八定等法，对治散心位中诸病。此二乘为出世三乘之基础，必经之阶梯，故亦说为五乘共法。再说出世三乘共法，就是使声闻、缘觉依四谛、十二因缘等教法，灭除三毒烦恼，解除生死侧。声闻等所行四谛等法，虽属二乘，而为大乘之所共行，故亦为三乘共法。又为一类发菩提心，修大乘之机，遂直施一乘不共之教。佛对众生之根性差别，而施五乘、三乘、一乘之法药，亦犹世俗医师对病人而制方配药也。陀罗尼，又名总持，总持无量教法，亦名遮持，遮一切恶病，持一切善法，能治一切病，亦犹物药中之丸散膏丹，为祖传秘方，不可示人。故总持咒语，义不可解，亦无须推寻其义。若能依之修持，身密结印，口密持咒，意密观想，三密相应，便得遂愿所求，解除生死，消灭过患，得大妙用。 师者，能以物药、法药善治众生身心之病称为师。古代药医义兼医师，矿植动物之物药与经律论之法药，皆由师调制方可为药。若无师亦无药。唐黄檗禅师所谓大唐国无禅师，又言不是无禅，乃是无师，故以师为最重要。世俗如神农、扁鹊等以物药治身病，即为物药之师。佛以种种法药，善治众生之病，故为法药之师。九界凡圣，皆为病人，唯佛界乃为究竟无上药师。佛之法身遍一切处，随物应生，神变莫测。其自受用身，住佛自果功德，现他受用，应地上机，为地上师；现大化佛，应地前机，为地前师；现小化佛，应二乘人天之机而为师；现随化佛，应人天及邪外之机而为师。总之，唯佛一人，为究竟药师。
琉璃光合梵华方言。梵音为薜琉璃钵喇婆曷纳舍也。琉璃即薜琉璃，是东方佛的名字。此中所说的琉璃不是琉璃灯、琉璃瓦等琉璃，而是一种宝物。薜琉璃，其意为青色宝，即宝石中的蔚蓝色者。如天青之色，有晶莹之质，表里洞彻，内外相映。琉璃光即天青宝中所含的净光，如蔚蓝天空，万里无云，充满旭日光辉；其体质坚固，如金刚石，极为稀有。这是以琉璃宝的光辉、明净，而比喻佛法。所以东方药师佛又以琉璃为名。
琉璃宝，或译作远山宝。依佛所说，我们这一世界当中是须弥山，山的周围有四大部洲，须弥山的四峰皆宝类所成，南赡部洲所对的山峰，即琉璃宝积聚而成。此宝山光辉映入空际，遂呈青色，故琉璃义释为远山宝。现代科学家对天空何以呈现青色有科学的解说。而印度当时的见解，说是由琉璃宝光反映而成。
佛与菩萨，皆是依德立名。但佛德崇高，难以用适当言语来表示，所以只能从佛（自利、利他，自觉、觉他）德的某些特性，或用譬喻来勉强诠示。如须弥山王佛，是以巍峨高大的山王，比拟佛德的伟大崇高；如檀香佛，因佛的德香远闻，故以檀香立名；又如雷音王佛，形容佛的法音远震，如空中的雷音一样，震撼世界。佛的名号以德或从譬喻安立。这里的琉璃光也是从比类来赞佛的德行。
琉璃光的含义，现在略说两点：
1.依众生的心境说。本经以东方佛土为琉璃世界，佛名琉璃光如来；辅佛宣扬正法的是日光遍照和月光遍照二菩萨。前面说过，琉璃宝即远山宝，琉璃光系由远山宝映现于空际的光彩；而今此二菩萨，以名喻德，当然如日月行空，普照一切。众生--人类在生死轮回中，都有一种向上、向光明的趣向和要求；佛陀随应众生的心境，也就以明净的青天与日月，表徵如来的德行。向上、向光明的趣求，是人类普遍而本能的共同希望；佛教固然是倾向真理与光明，即其他宗教中，也有许多同样是向上、向光明的。多神教中，崇拜太阳、月亮；基督教的上帝，虽说无形无像，而见上帝的也是赫赫的光明；印度教崇拜天（天梵语提婆），也就是崇拜光明。所以人类对于日月光辉或明净空界的景仰，只是渴求光明与明净的内心表现。人类的本性便是向光明的，不过有的外道信神（如太阳、月亮）信鬼，而不能自觉景仰光明的真实意义--皈向于佛陀，引发而实现佛性的明净。所以药师法门，即以青天与日月的光明，表徵佛德，显示人类最高的理想界。
世间的光明，无过于日光和月光。此二种光明，同是清净的，象征希望与幸福的，然多少也有些不同。大致说来，日光是温暖的，富有热力的。一切的一切在日光朗照下都能明显地发露出来。这正如智慧的光明，能给予世间热力，能透过蒙昧，灼照一切，通达世出世法的真相。月光是清凉的、安宁的、幽静的；它在黑暗中放出皎洁的清辉，引导人们走上正路，避诸险难，具有大慈悲普济的意义。太阳光给人以热力、光明、幸福和希望；月亮给人以清凉、安宁、幽静的境界。光和热能激发我们奋发向上；而清凉与宁静，足以陶冶我们的性灵，获得自在与安宁--这都为人生所必需的。
现实世界，人人都有倾向光明的意欲，人生要有光明的人生，社会要有光明的社会。中国古有光天化日四字，形容光明的社会。唐朝武则天皇帝，有以佛教思想导入政治的抱负。她想使政治走上正轨，人民得以过着幸福安康的生活，所以她特别造了曌一字，作为自己的号，读为照，便是日月当空照的意思。由此可见，她是怎样憧憬光明幸福的远景了。然而，真正能引导我们达到终极目标，达到究竟的光明人生境地，唯有佛法。故唯有大家向佛法的大道上走，才能完成究竟圆满的人生，才能使我们达于永久光明、无限光明的境界。
2.约佛陀的证境说：佛的自证境界，本不可以心思口议，平等平等，无有差别，离一切相的。若从离无明暗翳而显证说，称佛的自证境界为最清净法界，犹如净虚空，或称毕竟空，或称空性，都从现证的真性说。琉璃光，即佛的自觉境界。如如智契如如理，在平等一法界中，显发无边光明清净功德，朗耀皎洁，平等无差别，不是混混沌沌，漆黑一团，故喻佛的自证境为琉璃光佛果的圆满境界实在不可思议，不可言说，所以经中每以菩萨的因德，表达如来的果德。如毗卢遮那佛（也是光明遍照意），以文殊、普贤二大士，表彰佛陀的大智大行。或以四大菩萨表彰佛的悲（观音）、智（文殊）、行（普贤）、愿（地藏）。本经以日光遍照、月光遍照二菩萨，表彰药师佛的大智慧（日）与大慈悲（月），如日月光辉遍照世间，普济一切。如来所有的无量无边功德，在这二大菩萨的德行中，充分地表现出来。因此，药师佛又名琉璃光，他的国土是净琉璃世界，菩萨为日月光遍照，是具此一番深义的。东方净琉璃世界，表佛现证的清净法界；琉璃光，表无上菩提契证法界的德行；琉璃光（青天）是本体，日月运行于青天，放播光明，可说为琉璃光而起的妙用。中国人一向重视太阳，所以重视温暖、热力、光明、希望，而说光天化日等。然而印度处于热带，特别对月亮发生兴趣，印度即月亮之义；印度的文化思想（佛教也在内）皆特重宁静、清凉的特质。近年来世界局势动荡莫测，文化思潮愈益芜杂纷乱，宁静清凉的人生性德，也就越来越没落了。本来，动与静，热烈与安静，强光与微明，温暖与清凉，应互相协调而求平衡。这对于人性的发展、世局的安定，都是十分切需的。我们学佛，从凡夫到达圣者--佛的境界，必发挥这两方面的德行；对治人世的嚣狂凌乱，应重视清凉与宁静。药师琉璃光如来，对此有圆满的表现，所以能为人世一切苦难病患的救治者。
如来，梵音怛他揭多也。药师琉璃光是一佛的专名，如来是诸佛的通名。凡证获无上佛果的，皆可通称如来。如来有三义：即如来、如解、如说。（一）如来。如是一模一样，没有差别的意思。菩萨到了功行圆满，以最高的智慧体证了究竟的真理，此真理就是如。佛是契此平等不二真如而来，如召如来。（二）如解。佛有无上的智慧，对世出世间的一切法相，无不正确通达，毫无颠倒错乱，如法的实相而解了，是名如解。（三）如说。佛陀不仅是解悟正确，就是说法也如实而说。应该如何说就如何说，有如实说有，无如实说无，说得恰到好处。故经里称佛为实语者、如语者、不诳语者、不绮语者。如来、如解、如说，是佛陀所有的功德。译者因不能遍译三义，所以都译为如来。《金刚经》说：如来者，无所从来，亦无所去，诸法如义，名为如来。
本愿功德：愿是愿欲。本愿即菩萨因地所发的弘愿。修学佛法，以发愿为先，可说为成佛的根本。菩萨在因地所发誓愿，有通有别，如愿成佛道，愿度众生，众生无边誓愿度，烦恼无尽誓愿断，法门无量誓愿学，佛道无上誓愿成等四弘誓愿，名为通愿，每一菩萨都如此发誓愿。如阿弥陀佛在因地发四十八愿，药师佛因地的十二大愿，乃至其余诸佛所发八愿四愿等，皆为别愿。大家别误会，以为发愿多，功德就大，发愿少，功德就小。要知道，诸佛愿力是平等的。本愿即根本愿。所谓发愿，即普通所谓立志，志既立定，抱有志者事竟成之决心，虽赴汤蹈火，在所不辞，以达到目的为止。若无愿，便什么也做不成。不独修学大乘法门，即学小乘法，无愿也同样不能成就。所以修学菩萨，首先必须立定志愿，虽经艰难困苦，而必具不屈不挠的牺牲精神，实现其所志愿之目的。诸佛因地发愿，所以与普通立志不同，在于诸佛菩萨因地中发上求佛智、下化迷情之愿，皆从清净心中出发。虽有本愿，必藉功行圆满方便本愿得以修证。如发众生无边誓愿度等四弘愿，则须修六度、四摄等，功行圆满，扫荡无明障翳，才能显于本性功德。故药师琉璃光如来之依正庄严果德，是由因地本愿策发功行圆满而成。
功德不但是在寺院里做些佛事。功是功力，如行布施、持戒、忍辱、礼佛、坐禅等，都要有一番功力。德即是得，修行而得成绩，做一分得一分，名为功德。依本愿去实践，所成就的功德，称为本愿功德。
经，梵语修多罗或素怛缆，直译其意为线。释尊在世，随机说法，灭度后由弟子集成一段一章，一部部的经典。各类的法门，有组织地贯串起来，像一朵朵的花，用线贯穿而成花蔓，便不会散失。经也是这样，佛在世时随时随地说法，若不加以编集，就难得保存于久远了。佛说的法是究竟的真理与德行，可给我们永久学习，永久依循。所以经又含有恒常法则的意义。佛说的名为经，佛弟子的述说，不名经而名论（除禅宗六祖慧能所说为《六祖坛经》外）。这是表示尊重佛说。如中国古圣先贤有价值的言教，如书、诗、易等也叫做经。经又有径的意思，就是修行成佛的途径。
经有五义：（一）涌泉义（义味无穷）；（二）出生义（能生妙善）；（三）绳墨义（楷定邪正）；（四）显示义（能示正理）；（五）结蔓义（贯穿诸法）。
以上对经题作分别的解释，综合起来说，经是一切佛经的总名，是能诠教法。药师琉璃光本愿功德是本经的别名，是所诠表的理行果法。所诠法中，本愿功德，约因地行愿说；药师琉璃光如来，约果德说。果德中如来是一切佛的通称；药师琉璃光是本经东方佛土教主的别名。别名中药师喻佛的大慈悲；琉璃光显佛的大智慧。经题有因、果、悲、智；经文即对于悲智因果等作圆满的开示。
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